C’est quoi la Métagénomique ?

En 2020, RESALAB a renforcé son offre en biologie moléculaire en s’équipant de deux outils de Séquençage de Nouvelle Génération (dits N.G.S.) afin de développer ses prestations en métagénomique et le séquençage complet ou ciblé des germes à intérêt vétérinaire (Salmonella, E. COLI, virus, …).

La métagénomique est une méthode d’analyse basée sur une technique de séquençage capable d’étudier le microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, levures) prédominant dans un milieu spécifique. On parle de microbiote intestinal mieux connu comme « flore intestinale », microbiote oral, cutanée, etc. La vraie cible de cette analyse est l’écosystème du microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des génomes présents dans n’importe quel échantillon ou dit microbiome.

Le résultat obtenu est l’abondance (une quantification relative) et la biodiversité des micro-organismes présents dans un échantillon précis. A savoir que plus de 95% des micro-organismes ne sont pas cultivables. Ainsi, pour la première fois nous sommes capables de connaitre la présence et la quantité relative de ces micro-organismes.

Deux méthodes analytiques peuvent être effectuées :
• 16S ARN (plus ciblée et la plus utilisée) : séquençage complet ou partiel de l’ARN ribosomique bactérien dans un échantillon ou la portion génomique correspondant à la carte d’identité de chaque famille et espèce bactérienne ;
• Shot Gun (fusil) : séquençage complet de l’ADN de tous micro-organismes présent dans un échantillon (virus, champignons, bactérie, parasites, levures)

A ce jour, RESALAB propose à ses clients la méthode 16S ARN.

Pour quoi faire ?

• Obtenir des indicateurs de bien-être animal, de bonne santé de l’intestin animal ou de bonne pratique zootechnique et d’élevage (lien avec les performances)
• Etudier une stratégie alimentaire, d’une pratique nutritionnelle (additif alimentaire, d’un aliment) et donner des recommandations plus fines
• Prévenir le portage des pathogènes et des maladies

Quels avantages ?

• Prélèvement facile à réaliser : fientes, fèces, écouvillons, chiffonnettes sur animaux vivants, 200 µl de contenu intestinal pour les animaux euthanasiés
• Rapidité pour une analyse complexe : 3 semaines pour obtenir un résultat avec une valeur biologique très élevée
• Prix abordable